Bodegraven ligt centraal in het Groene Hart van Nederland, de groene zone omsloten door de Randstad. De gemeente Bodegraven-Reeuwijk is omringd door de gemeenten (met de klok mee, begin noord) Nieuwkoop, Woerden, Montfoort, Oudewater, Krimpenerwaard, Gouda, Waddinxveen en Alphen aan den Rijn. Bodegraven ligt in het midden tussen de vier grote steden Amsterdam, Rotterdam, Den Haag en Utrecht. De (hemelsbrede) afstand tot elk van deze steden bedraagt circa 30 kilometer.
Het dorp Bodegraven ligt aan weerszijden van de Oude Rijn, waarin zich midden in het dorp een sluis bevindt. Deze vormt de oostgrens van het hoogheemraadschap Rijnland. Het oudste gedeelte van Bodegraven bevindt zich aan de noordkant van het water. Hier staat de hervormde dorpskerk, de St. Gallus kerk, een voormalige Katholieke kerk, en vernoemd naar Gallus van Helvetië. Aan de zuidkant van de Oude Rijn bevindt zich de Willibrordus kerk, een rooms-katholieke kerk uit 1865, vernoemd naar Willibrordus van Utrecht en gebouwd door Pierre Cuypers (1827-1921). Ook bevindt zich aan de zuidkant van de Oude Rijn de stellingmolen De Arkduif uit 1697. Deze is nu de brouwerij “De Molen”.